Theo Linh Phong tự ký của Đào Tấn, năm 1808, vâng lệnh Thánh mẫu là Hoàng hậu Hiếu Khương, vua Gia Long ban lệnh không cho ai được xâm phạm hay lấy các vật dụng ở chùa trong khi chờ đợi trùng tu.

Đến đời Minh Mạng, một hôm nhà vua bị bệnh, vừa chợp mắt thì mộng thấy một vị sư già mặc áo vỏ cây đứng bên giường hầu quạt, đến sáng thì khỏi bệnh. Khi ngự triều, nhà vua đem chuyện ấy hỏi các quan, có người tâu rằng vị sư già đó có lẽ là Linh Phong thiền sư ở chùa Linh Phong ngày xưa. Vì vậy, năm 1826, nhà vua sai quan trấn gom góp các pháp phục và vật dụng của các triều trước ban thưởng cho thiền sư, đưa về kinh đô (Huế) cho vua xem. Rồi nhân đó theo mẫu cũ chế ra một bộ cà sa có móc vàng và vòng ngà mới để thờ, đồng thời vua cũng cấp cho 120 lượng bạc giao cho quan trấn lo việc trùng tu chùa [6].

Vào đời Tự Đức, đại thần Phan Thanh Giản có đến viếng chùa Linh Phong và làm thơ đề vịnh.

Từ năm 1884 đến 1885, dưới triều Kiến Phúc và Hàm Nghi, đại thần Đào Tấn "bỏ quan về Nam, ẩn giấu tích ở chùa Linh Phong để lánh loạn"[1]. Ở đây, ông đã tìm được một bộ Pháp hoa do chính tay thiền sư chú giải, và một quyển Ngọc Thạch đồ chương.

Năm 1895, Đào Tấn được bổ làm Thượng thư bộ Công[1]. vì muốn sửa sang ngôi cổ tự, nên ông đem việc ấy tâu lên, vua Thành Thái bèn giao cho tỉnh thần 70 lạng bạc lo việc trùng tu chùa, đồng thời sai hiểu dụ dân trong tỉnh quyên góp thêm, đến tháng 8 (âm lịch) năm Đinh Dậu (1897) thì hoàn tất, và quang cảnh chùa lúc bấy giờ rất đẹp [1].

Năm Thành Thái thứ 15 (1903), Đào Tấn viết "Linh Phong tự ký" nhằm ghi lại "chút chuyện về chùa Linh Phong để khỏi mất mát"[1].